南县档案馆在2019年3月底机构改革后单独设立，之前是馆局合一，正科级参公事业单位。机构改革后为县委办公室所属正科级公益类财政全额拨款事业单位。原档案馆承担的行政职能划入县委办公室，县档案馆整合其余事务性职能和县委党史研究室的职责，对外加挂县史志编纂室牌子，内设二级机构档案服务中心。