益阳市生态环境局南县分局编制总数为56名，其中机关行政编制7名，全额拨款事业编制49名。领导职数为局长1名，副局长2名，总工程师1名。设立办公室、人事与监察股、财计股、综合协调股、法规与宣传教育股、土壤与自然生态保护股、水生态环境股、大气生态环境股、环境影响评价与排放管理股（行政审批改革股）等9个内设股室，和益阳市南县生态环境保护综合行政执法大队（副科级）、益阳市南县生态环境监测站2个二级机构。