南县审计局于1984年4月经南县编委批准设立。南县审计局机关行政编18名，全额事业编13名。设局长1名，副局长2名，总审计师1名；股级职数12名。内设机构有：办公室、审计计划股、法规股（审计项目审理股）、重大项目审计股（政策跟踪审计股）、经济责任审计股（资源环境审计股）、审计执行股、行政事业审计股、财政金融审计股、人事股（党建工作办公室）、县委审计委员会办公室秘书组。南县审计局所属股级公益一类事业单位：南县建设项目投资审计中心、南县电子数据审计中心。