南县人民政府办公室是县政府工作部门，为正科级。内设秘书组、综合组（经济研究室）、经济和社会事务组（政务公开组、放管服改革组）、城镇组、金融组、总值班室（对外称县政府总值班室）、县长热线办、督查室（对外称县政府督查室）、政工后勤组（党建工作办公室）、机要室、政府发展研究中心（优化营商环境事务中心）、优化经济发展环境组。

县政府办公室机关行政编制35名。设主任1名，副主任7名，督查专员2名；股级职数11名。

县政府处级领导行政编制单列，按实际情况核定。

县政府发展研究中心全额拨款事业编制6名。

机关后勤服务全额拨款事业编制1名（后勤服务人员只出不进，编制空一减一）。