2003年4月21日，县委、县政府组织召开全县非典型肺炎防治工作会议，动员全县上下迅速行动，采取有效措施，做好“非典”的防治工作。南县先后派出5个机动组对全县各交通要道进行流动人口登记和体温测量；派出2个调查组对全县外来人员中发热病人进行“非典”排查；派出3个消毒组对全县各车站、码头、公共场所进行消毒；在全县设立9个疫情检查站，建立发热门诊27个。卫生防疫站接听和登记疫情电话11700多个（条），测量外来流动人口体温48663人次，消毒面积20多万平方米，监测发热病人32人；发放非典防治宣传资料30万人份，培训县、乡业务骨干842人，县卫生防疫站耗资6万元，乡村耗资16万元，县、乡、村三级防保网实行24小时零报告制度，实现无一例非典病人发生的目标。南县卫生局被湖南省人民政府、南县人民政府被益阳市人民政府授予“抗击非典先进集体”。

2004年3月，南县被国家农业部、财政部、编制办、人事部、科技部定为全国十二个农技推广改革试点县之一。

是年3月，组建南县工业园区。

是年12月，南县被湖南省确定为29个无公害农产品基地整体推进县，2.7万公顷粮油，1万公顷蔬菜产地通过了湖南省无公害农产品产地认定。10万吨冬瓜、5万吨大米、3.8万吨面条、1.6万吨酸菜、1.5万吨榨菜、1.5万吨韭菜、0.4万吨野生鲫鱼和白鲢鱼通过了农业部无公害食品认证。

2005年，动工兴建南县工业园区厂房及配套设施。

同月，南县被农业部列为优质杂交油菜优势区域建设示范县。

2006年启动南县环境治理，关停13家造纸厂，兴建县城第一个污水处理厂。

2008年5月26日，举办纪念毛泽东同志《在延安文艺座谈会上的讲话》发表66周年暨2001-2007年全县文艺创作颁奖典礼，对71件作品颁奖。

是年，兴建县城宝塔湖公园。

2011年，南县地花鼓被列为国家级非物质文化遗产项目。